栽培方法不斷改進，成本也為之降低
據曾任職臺灣省農業試驗所的植物病理學家杜自彊說，太空包栽培法最大的問題是塑膠袋的密度不夠，外界有害的細菌會侵入，破壞木耳菌絲的發育。後來他參考「部分殺菌法」原理，才克服這個問題。
所謂部分殺菌法，就是將菌基（也就是種植菌絲的木屑）內影響木耳發育的細菌消滅，而保留比較沒有影響的細菌，讓這些保留下來的細菌抵抗外界可能侵入的細菌，因而木耳菌絲也受到了保護。
部分殺菌法解決了塑膠袋密度不夠的問題，從此這種太空包栽培法開始風行，大大降低了成本。
栽培的方法改進後，栽培基也不斷地改良，不再光是用木屑，而加入了硝酸銨、粉頭、碳酸鈣等養料，產量因此大為提高。然而，每一個菇農所用的配方都不盡相同，這可說是他們業務上的機密。
國內木耳的人工栽培，已有數十年的歷史。由於業者肯接受新知識與新觀念，加上政府各級農業輔導機構和農業研究機構不斷的提供研究成果，栽培技術已凌駕日本、東南亞等有木耳栽培的國家。
杜自彊說，國內木耳栽培業者常應聘到東南亞各地做技術指導，成果很好。他說：「東南亞地區屬於熱帶，昆蟲很多，木耳的栽培比國內困難好幾倍，但這些專家多能全力投入，研究發展出適合當地的菌種和種植的方法。」杜自彊也是剛結束在泰國的菇類栽培輔導回國的。
木耳菇舍要用塑膠布和稻草遮蓋，以保持適當的溫度和濕度。
