早在2006年，林試所的植病專家傅春旭就經常接獲民眾反映筆筒樹大量死亡的訊息，通報地點最早出現在北台灣山區，包括土城、陽明山、烏來、新店及新竹，如今更擴散到全台及蘭嶼。
傅春旭指出，筆筒樹過去罕見生病，只會因人為開發干擾棲地（尤其是環境濕度不足）而減少。這個怪病的病程卻猛烈得令人驚心：先是葉子不正常枯萎後，新芽接著枯萎，最後頂端腐爛，同時羽狀複葉全數脫落，徒留禿頂的殘幹，若切開髓心會發現，原本應呈白色的健康維管束，已經腐爛成黑褐色。從發病到死亡為時不超過兩個月。
由於筆筒樹多生長在荒郊野外，樹死不會「傷人」，且筆筒樹的經濟價值低（過去曾被濫砍作為園藝用蛇木並大量外銷，後因保育理由被禁止），因此，植病界對它的基礎研究可說是一片空白。
隨著筆筒樹疫情擴大，包括林試所、台大及中興大學都有人投入研究，卻始終無法確定病因，因此也無法對症下藥。
傅春旭解釋，筆筒樹一旦罹病就會有雜菌滋生，因此要確認目標病原菌，必須進行嚴謹的「科霍氏驗證」，包括尋找健康株並加以接種，在實驗室中進行病原菌分離與培養，才能從多達十餘種的病原菌逐步篩選。
今年初，傅春旭終於掌握到「元兇」，竟是一種未被命名的新菌種，「只知道它歸類為『子囊菌』，屬於不會空飄、靠生物傳播的『黏性孢子』，正確分類群正送請中研院的專家鑑定。」
至於傳播途徑，傅春旭推估應與昆蟲的特定行為（如產卵期）有關，因為發病有季節性（夏季為高峰），且野外病株與健康株相鄰並存，「若透過空飄孢子，就應該是整片同時感染。」他也懷疑，此一新病菌可能是民眾從國外走私蛇木引入。
目前林試所正如火如荼地試驗適當而有效的藥劑，與此同時，對於疫情範圍尚小的地區，建議先將病株砍除，以防止蔓延。
基於物種多樣性的生態理念，林試所已經啟動前所未有的「方舟計畫」，即籌設筆筒樹的孢子種原銀行。
「我們還沒真正了解筆筒樹，它就可能要滅絕了，對生態環境的衝擊也難以預料。保種是最後手段，讓我們未來至少還有機會復育它。」傅春旭沈痛地說。
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