十一月初，台北榮民總醫院臨床毒物科醫師吳明玲在「中草藥中毒研討會」中表示，該科收集腎臟癌、輸尿管或膀胱癌病患共五十四例進行分析，發現近三成病患長期使用中草藥，其中有四人提供的中藥材檢出含馬兜鈴酸，而且有三人引發腎衰竭及膀胱尿路上皮癌。

馬兜鈴酸是馬兜鈴科植物淬取出的純化物，盛產於中國大陸北方及日本，具有降血脂、清肺、利尿等作用。然而榮總毒藥物防治諮詢中心主任鄧昭芳指出，一九九三年比利時研究人員發現使用含馬兜鈴酸的減肥中藥可能導致腎病變，因此英、法、美、加拿大等十一國都相繼禁用此藥。

至於中藥盛行的華人國家中，新加坡限制含馬兜鈴酸的藥品不得使用超過兩周，中國大陸則是禁用含馬兜鈴酸成份最多的「關木通」。反觀台灣，只規範含有馬兜鈴酸的中藥，應加註「長期連續服用可能會造成腎衰竭副作用」的警語，但臨床混用、誤用的情形仍常發生。鄧昭芳因此呼籲衛生署，應禁用含有馬兜鈴酸的中藥。

針對西醫界的疾呼，衛生署中醫藥委員會隨即做出回應，宣布禁用關木通、廣防己、青木香、天仙藤、馬兜鈴等五種含有馬兜鈴酸的中藥，並註銷含有馬兜鈴酸中藥製劑的五十張藥證，包括補肺阿膠散、治嗽散、運功散等。遭到註銷的中藥製劑即日起必須下架，並在三個月內回收，違者最高可處五年以下的有期徒刑。

不過，衛生署的霹靂行動，卻引起中醫師公會全聯會反彈，他們認為衛生署的禁用決策過程草率，引發民眾恐慌、疑慮，並造成中藥商及中醫院所損失慘重。

中醫師公會理事長林昭庚表示，「藥即是毒」，馬兜鈴酸有腎毒性，和西藥的抗生素、止痛藥有肝、腎毒性相同，這些藥物對某些疾病的療效顯著，只要在藥物包裝上充分說明副作用和標示警語，無損臨床價值。如果衛生署以藥品有副作用為禁用標準，將造成大部分西藥和中藥都無法使用的困境，因此中醫界反對貿然禁用，應以限制使用為宜。

「禁用」、「限用」的爭論尚未平息，幾天後，吳明玲又發表中草藥的肝傷害報告，指出一名一歲多幼兒因罹患神經性纖維瘤服用中藥偏方後，引起猛爆性肝炎死亡，她並表示包括「蒼耳子」在內的一百多種中藥材，都會造成肝中毒，結果再度引發中醫界強烈批判，近百位中醫師前往台北榮總抗議，場面激憤。

一場中西醫專業之爭，雖然在吳明玲表示歉意後暫時落幕，但是有關中草藥的用藥及管理問題卻亟待釐清。

首先，很多民眾對中草藥抱持「有病治病、無病強身」的態度，沒病時也隨意服用，其實只要是藥，就有毒性。其次，目前中草藥流通管理寬鬆，廣播電台、市場都在販賣來路不明的偏方，隨意服用可能造成相當傷害。對此，衛生署除了呼籲民眾切勿購買偏方外，也將成立聯合查緝小組。

馬兜鈴酸事件也凸顯出台灣中西醫長久存在的矛盾與對立。

中國時報社論指出，中西醫體系固然迥異，門戶之隔極深，但對於西醫的研究，中醫不能只是一味抗爭，而必須主動配合，主動出擊。多年前台灣就發生過是否應禁用馬兜鈴酸的爭議，如果當時中醫藥界能對各種藥方進行檢驗分析，並提出使用劑量與安全性的警告，或許不至於落得如今全面查禁的結果。但中醫藥界當時未作任何補救，以至於用藥傷害不斷發生，終於讓中醫藥面臨污名化的危機。

此外，目前台灣的衛生醫療藥物管理，都依照西醫的方式，也難以令中醫界心服。政府應由中醫藥的傳統出發，制訂適宜、有利於病患權益的政策，讓醫學走上「中西合璧、相輔相成」的正途。