審查過程中，贏得最多掌聲的是草案中的第四條的修改——入出境檢查權由原本的「治安機關」改為「警察機關」，如此一來，檢查單位排除了警備總部，結束了戒嚴時期的軍事管制。

另外，在草案第六、七條，經過辯論、協調，決定削減罰則刑度，例如：刑罰由「一年」改為「六月」、罰金由「一萬」改為「五千」。

第八條「現役軍人犯罪，概由軍法機關追訴審判」，另增列但書，使現役軍人犯不屬陸海空軍刑法或特別法的罪名，如傷害、偽造文書、詐欺等罪，就劃歸司法審判，藉以保障軍人權益。過去，非軍人結夥搶劫須接受軍事審判，解嚴後非軍人犯罪不再由軍事機關而改交司法機關審判，也更能符合憲法第九條——「人民除現役軍人外，不受軍事審判」所賦予的基本人權。

第二條、第九條爭議多

整個審查過程中，爭議最多的應算是第二條與第九條。

第二條條文原為「人民集會、結社，不得違背憲法或反共國策，或主張分離意識」，文中所提出的三個原則，由於部分委員認為語意模糊，沒有必要列為法條，因而主張刪除。經過修訂後，改為「不得違背憲法或主張共產主義，或分裂國土」，字句不再模稜兩可，意思也更加明確。

執政黨堅持，「三原則」主要在強調我國推行憲政、反對共產主義以及台獨思想的立場，唯有如此，國家安全才得以維持。解嚴後人民的集會、結社，都應遵守這個基本原則。

第九條條文規定戒嚴時期經軍事審判的非現役軍人，如果刑事裁判已經確定，解嚴後不得向該管法庭上訴或抗告。

各守立場

所以引起極大爭議，是因為「民進黨」籍立委主張該條文應該刪除，保留受刑人的上訴權利。而執政黨委員則認為，戒嚴四十年來，受過軍事審判的人，有些如今時間已久，涉案物證、人證皆不易審定，勉強上訴不可能得到結果；有的委員則建議，上訴既不可行，為彰顯解嚴的政治意義，或可以特赦、減刑，來顯示解嚴的「誠意」。

由於雙方的堅持，協商不成，「民進黨」立委退席以表抗議，最後立法院表決通過該條文。

綜觀國安法的審查過程中，執政黨與「民進黨」立委在會場上，容或有衝突發生，也有以程序問題挑起爭端的情緒化表現；但是，各堅守立場據理力爭，不斷地溝通、協商和討論，互相做適度的讓步，以盡速完成審查。

毋庸諱言，執政黨以目前的席次，要表決通過一個法律並不困難；但他們卻採取協商的方式，透過修正、讓步、妥協，以求博取共識，顯現出他們溝通的誠意，及開放、包容的胸襟。

人權保障更周延

而席次較少的「民進黨」除了消極地抵制、杯葛、退席之外，畢竟選擇了充分表示意見，參與討論的積極態度。雖然有些意見未被採納，但仍舊力爭取。例如他們曾兩度退席抗議，但並不放棄其他條文的發言權，依舊參與整個審查過程。

國安法草案三讀通過了。儘管過程曾經風風雨雨，通過的條文確比原草案對人民權益和自由的保障更周延，一切也就值得了。