珍珠奶茶的前身是泡沫紅茶，據悉，泡沬紅茶最早應始於1949年台南「天馬茶房」的手搖紅茶，其後天馬茶房將這項技術傳給台南老字號的茶坊「雙全紅茶」，泡沫紅茶也日益普及。
1980年代，珍珠奶茶正式問世，但怎麼來的卻有兩種說法。台中知名茶舖「春水堂」老闆劉漢介堅稱，早自1983年，店內即嘗試製作珍珠奶茶，並研發出這項新飲品。從小愛吃粉圓的研發經理林秀慧與人事經理沈銅娥，分別是珍珠奶茶的發明人與命名人。
台南翰林茶館的老闆涂宗和也不甘示弱地指稱，1987年時，他在台南鴨母寮市場看到白色粉圓，激盪出將粉圓加入奶茶的靈感，因此早期珍珠奶茶的粉圓為白色，後來才改為混入焦糖液的黑色粉圓。
帶動珍奶產業線
為爭第一，春水堂和瀚林茶館甚至對簿公堂，但最後因法院難以判定誰是始祖，兩家茶舖均無法註冊專利權和商標權，珍珠奶茶反而因此紅遍大街小巷。
80年代末期，台南市的草蜢泡沫紅茶店，由香港豔星葉子楣豐滿的胸部得到靈感，將大粒粉圓命名為「波霸」，從此波霸奶茶也成為珍珠奶茶的別稱；為了方便顧客飲用圓Q的粉圓，材料供應商還特別開模，製作了口徑較粗的大吸管。
90年代以降，珍珠奶茶日益風行，躍升為泡沫紅茶店的主力菜單，為了縮短作業時間、因應快速增加的外帶族群，業者陸續推出了自動封口機、雪克杯搖搖機、果糖定量機等多項發明，龐大的珍奶產業鏈正式成形，休閒小站、樂立杯、快可立等大型連鎖茶飲店也迅速崛起。
重視口感的品牌時代
由於新鮮現搖的茶飲，口感與預先調好的差異極大，21世紀後，嘴巴被養刁的台灣消費者，對手搖茶飲的茶香、鮮度及口味變化等要求也日趨嚴格，大量複製的低價茶飲逐漸乏人問津，取而代之的是以品牌經營、走較高單價路線（中杯加珍珠約30元起跳）的特色連鎖茶飲。
目前國內市占率第一、已有上千家分店的「清心福全」，就以單純的茶飲最受好評，如「烏龍綠茶」即為人氣最高的熱賣商品；「50嵐」排名第二，奶茶、奶綠則被評為必點商品；若是想嘗鮮試試「金鑽鳳梨水果茶」等新口感茶飲，則以市占第三「CoCo都可茶飲」勝出⋯⋯。不同品牌各自擁有廣大支持者。
珍珠奶茶現已成為台灣連鎖茶飲的泛稱，業者還推出仙草、愛玉、蒟蒻、椰果、果凍、米苔目等多種配料，光是國內市場的年產值，估計已高達新台幣300億元。如今在業者的耕耘下，珍珠奶茶也從台灣跨足全世界。
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