潛水蒐集一手資料
真正第一手的親身接觸，只有潛水了。若不靠特殊潛水裝置，人類的體能最深只能到海面以下五十公尺左右。在五十公尺的深度，安全的工作時間是十五分鐘，若待太久，或潛再深一點，潛水的人會出現「氮醉」徵狀，神志不清，無法工作。
因此，潛水觀察只限於淺海地帶，例如屬於墾丁國家公園的南灣地區，珊瑚礁生態便適合潛水細觀。另外需要潛水的就是把儀器帶下海，固定在某一個特定位置。
不少研究人員受過潛水訓練，對這份體力消耗大的工作也很有興趣。但是「不一定每次下水都有珊瑚礁、熱帶魚可看，如果在西海岸，全是混濁的泥沙，下去一片茫然，什麼也看不見，所有的工作都要靠摸索。萬一被漁民掉在海底的魚網纏住，一緊張就危險了。」臺大海研所技士劉純琪說。
絕大部分的研究，還是要透過儀器的協助，採得樣本或是接收訊號。由於儀器越來越精密，功能越多，因此所得到的「二手資料」內容豐富廣泛，足可完成許多推論。
漁船在沿岸作業
沿岸地區的調查，常要租小漁船作業。因為小船靈活，起動和停止都方便，如果小範圍內有許多站需要停下作業，或者水淺礁石多，一千多噸的研究船不免處處掣肘，難展長才。
小船的麻煩是顛得厲害，小風浪就能把船整得亂晃；但是扛儀器、瓶罐上船十分不易，既已開始，就是歪歪倒倒，也要把該灌滿的海水、該紀錄的數字通通做完，才能夠下船。
漁船通常只租一天或半天，若要長期出海，仍賴專門的研究船。而多數研究計畫的調查範圍不僅限於岸邊，有一艘能走遠洋的船相當必要。多功能的「海研一號」有持續航行四十五天的能耐，而且處女航便從北歐一直南行，繞過南非好望角回到國內，等於跑了地球大半圈，也證明瞭它的遠航能力。
對地球物理和地質學者而言，研究船上有套設備最令他們雀躍，就是「多頻道反射震測儀」，價值一百萬美金，也是船上最昂貴的研究設備。
想瞭解海底地形、地層結構，除非有潛水艇，否則無法直接觀察。震測儀卻利用氣槍放出含有各種頻率的震波，震波撞及海底，再反射回來，被水中聽音器接收，經電纜傳回船上電腦自動解析設備，便可根據震波回收的先後推算出海底高低起伏；而不同頻率的震波對地層的穿透力也不同，所以又可得到地層結構的資料。
這項設備的優點是聽音器有廿八對，連成一條長達八百公尺的直線，和過去相比，從前震測儀只能做「點」的探測，現在則可得到「線」的完整資料。以後如果擴充設備，甚至可以得到「面」的地層資料。
地層結構探秘
這若再配上「岩心採樣器」，對當地海底結構的瞭解就更紮實了。岩心採樣器是一個很重的空心管子，由鋼纜送下，它會像根樁子一樣插進海底的泥土或沙石或岩塊裡。插下去的同時，中空的部分便把泥、沙、石等吸入，當鋼纜絞回船上，把採樣器內藏的塑膠管抽出，縱面剖開，便可看到上下排列次序、厚度，和原來海底情形一樣的「岩心」標本了。
這些採到的岩石帶回去仔細檢驗，有時候可在電子顯微鏡下面發現許多「微化石」，其前身是植物性浮游生物的遺骸。這時可用年代檢定的方法，判斷岩層的形成年代，更可分析該類浮游生物生存的條件，從而推測當時海洋的環境，例如：溫度、鹽度、營養成分等等。
在沿岸地區之外，海洋的深度平均為四千公尺；人類不管游泳、潛水或乘船，都只能算是在海的表面漂浮，因此幾乎所有的探測工作，都是靠一根鋼纜，帶著設備垂到海中去收集所需要的東西。所以你若恰巧搭另一艘船經過，大概只看得到兩、三個人呆立在「海研一號」的甲板上，要是沒人指點，恐怕還找不著那根細細的鋼纜呢。
鋼纜一物百用
那幾個「呆立」的人，其實不是正在收、放鋼纜，就是在等待鋼纜到達指定的深度，採回水樣或傳回該處的溫度和鹽度，好進行下一步作業。
唯一比較熱鬧、看得見動靜的，是海水表面的採樣。由於鋼纜只需放下短距離便可收起，所以這邊，採水瓶不斷從鋼纜取下，又裝上新瓶；那邊，瓶中的水被倒出來，裝滿四個大塑膠罐，外帶兩個小罐；瓶瓶罐罐在工作臺上此起彼落。要不然就是在撈起浮游生物網的時候，海水四洩，只留下底部一點點水和幾十隻米粒大的小動物，半擠半倒地被裝入瓶中。
浮游性動物一「出海」，必須立刻加入福馬林，當做「屍體」處理，以免分解腐化。等上了岸運回實驗室，再在顯微鏡下計算有多少只，屬於什麼種類。
分析海水樣品，部分初步工作得在船上完成，譬如：測量溫度、鹽度、溶氧度、酸鹼值。進一步的分析，則要帶回去做；在船上時須把海水冷藏在攝氏四度左右，以保持原來狀況。
「海研一號」另一頗受研究人員稱道之處，便是研究室和實驗室有好幾間，留有充分的空間放置器材。
船上做好，下船不忙
在電子儀器室裡，除了最貴的震測儀，還放了次貴的魚探機，有類似雷達掃瞄的螢幕，可尋找不同深度的魚群。另外船上還購置了一部微電腦，不少工作可以在拿到資料後，立刻分析，毋需等航次結束。
國內目前只有「海研一號」一艘多目標的海洋研究船，它的主權屬於國科會，管理權屬於臺大，船上的技術人員都來自臺大海研所。他們在船上的生活和船員相去不遠，每天廿四小時輪班。船一開到工作地點，不論白天、黑夜，都得馬上開始作業，船期才不致於拖延，可以多排些計畫，充分使用研究船。
海上的各種探測工作，性質大同小異，做久了難免單調。這批技術人員多半從「九連號」時代就開始上船，已有十年以上的經驗，經歷過不少「風浪」，也頗能自我排遣。
每年從秋天到第二年春天，臺灣附近海域吹東北季風，海上行船不穩，剛出海時，多半的人都會不舒服。這時船還未開到作業地點，技術人員可以躺著休息。等到作業站到了，不管颳風下雨，只要船能停，技術人員就得起來工作。
下雨最麻煩的是滑。船本來就搖晃不定，不易站穩，一加上雨水，不只地板滑，連平常扶靠的地方都一片滑溜，毫無著力之處。刮強風或海上暗流強時，鋼纜容易刮到船舷，儀器若碰壞了就划不來了。更危險的是纜繩上繫的桶、瓶等等，收起時若一個晃蕩，打到了人，那可更慘。
技術人員功勞大
然而這批技術人員一個個活力充沛，膽大心細，扛得起重東西，也修得了儀器的小故障。走在廊道裡，別人要東扶西碰，靠著牆壁還跌跌撞撞，他們卻早已摸清了船晃的韻律，來去自如。
不輪班的時候，有的口袋插本小說，有的圍著棋盤，或趁月黑風高的晚上，在船尾拖根魚線，等大魚上鉤。
他們在船上扮演的，是不折不扣的重頭戲角色。許多教授在研究報告前面，會特別向他們致謝。
「海研一號」之所以取名一號，顯然期待著二號、三號……。楊榮宗教授說：「在長遠的計畫中，二號是一艘生物研究船，三號是一艘潛艇。」
對於國內目前的海研工作，許多教授認為雖有成果，卻嫌零散。他們覺得或許可以效法韓國，成立綜合的海洋研究機構，來統籌全國的研究和開發計畫。或者至少有一「海洋資料中心」蒐集海洋資訊，方便需要使用的人；同時讓大家有個累積研究成果的地方，不要重覆別人已經做過的事情。
海洋學院海洋系主任李賢文便這樣主張，但他也提及一層憂慮：「現在問題是海洋研究人才不夠，最好是有了足夠的人才之後，再成立一統合的組織。可是話說回來，也正因為現在沒有這樣的機構，很多學海洋的人找不到本行工作，只好轉行。」
國科會推動大型研究計畫
國科會現階段的做法，是鼓勵整合性的大型計畫，比方針對某一個海域或某一個問題，做通盤性的研究。這樣必須結合有專長的人，成果似乎也較集中。正在計畫中的有「臺灣西南海域湧升流的基礎生產力研究」，參與的三位專家分別出身於海洋化學、海洋物理和海洋生物。這是區域性的整合計畫。還有和原子能委員會合作的「低濃度核能廢料終極投海處理可行性」調查，這則是就一個問題做多方面的考慮。
也許研究機構的努力、國科會的支持、再加上科技應用單位的響應，我國海洋研究可以結合人力、財力、物力，使研究的成果，和海洋開發單位的需要恰好配合。這是一條常聽人說起、卻不容易走上的路。
