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做為國家二級古蹟的保安宮,因為建造年代久遠,屋樑遭受蟲蟻嚴重侵蝕,屋頂漏水,屋脊上的「剪黏」嚴重脫落。殿內則因為長期受到煙燻,加上通風不佳、濕氣重,使迴廊壁畫受沁剝落。國府時代幾次修復所添加的金爐、水塔、假山水池等等,也完全破壞了保安宮原有的設計與格局。於是,就在廖武治擔任總幹事的第二年,保安宮展開大規模的整修工程。
依照文化資產保存法的規定,古蹟修護必須經過調查、設計,初步概算後,公開招標,再發包給營造商來修護。
然而,古蹟未解體之前的調查,往往與拆開之後差距極大,面臨一再變更設計或追加預算時,公務機關在預算、時間上難免多所限制。於是,保安宮決定自力救濟,自己出錢修護。
一開始,保安宮也採取一般古蹟修護的「包辦式」型態;將修護工程交由專業建築師統籌、主導,然而卻在最開始的「備料」階段,就讓保安宮吃足了苦頭。
為了尋找與當初建廟相同的原始福杉,廖武治隨著營造商六次深入中國大陸福建山區,下了飛機,搭上火車,再經由吉普車一路顛簸深入福杉原始森林。
當他們克服一切砍伐申請、原木出口的手續後,卻發現,運到台灣的福杉不僅摻雜大半的人工林福杉,更因為原木未經封口處理,抵達時都已出現裂痕。最後只好放棄,改用台灣的檜木來替代,不僅白白浪費一年往返的時光,也使得木材成本由原本估計的台幣兩千萬飆升到六、七千萬。
經過先前的錯誤嘗試,一九九六年,已為副董事長的廖武治挑起大任,邀請古蹟修護專家為顧問,重新組成修復小組。並恢復傳統蓋廟的「點工」方式,採「主、匠合作」──由主人完全掌控品質與進度,自備材料,再依照大木結構、小木雕刻、屋瓦牆面的土水、石雕、彩繪等類別,分別聘請匠師。

廖武治不僅提供本土匠師盡情揮灑的舞台,也完整保留閩南建築的風格。圖為屋頂的剪黏。