反政府濫觴「亞齊人認為遭到背叛,」陳俐甫指出,在反荷獨立戰爭中,亞齊人出力最多,但以爪哇勢力為主的新政府回報的,卻是將亞齊納入印尼民族,廢除亞齊的獨立邦國地位,並禁止亞齊的伊斯蘭法律特權。隔年印尼政府和亞齊領袖達成協議:亞齊獨立成一省,並開放宗教和教育的部分權限。可惜政府未完整兌現承諾, 以致1953年亞齊爆發反印尼的武力抗爭,幾乎佔領亞齊全境,此後大小游擊戰不斷。
宗教、政治、歷史文化的糾結外,1970年代印尼政府對亞齊的經濟剝削,則促成「自由亞齊運動」正式浮出檯面。
陳俐甫指出,1965年軍事強人蘇哈托上台後,強調引進外資、經濟開發優先、軍隊扮演安定角色,創設了以官僚和軍人為核心的政黨;1970年代印尼工業產值急遽升高,國家繁榮,但這些工業都是控制在外資、軍方關係企業家和華僑3者手中,一般人民分享不到利益。
蘇哈托統治印尼33 年,除了家族特權深入各地外,資源分配上也獨厚爪哇人;比如在亞齊大量開採石油與天然氣;油田的管理階層卻以爪哇人為主,亞齊人只能從事低階工作。更令亞齊人不滿的是,這些為印尼賺進大筆外匯的利潤,多被拿去建設首都雅加達,而非回饋當地。
劉青雲的論文指出,亞齊為印尼最富庶的省份之一,天然資源如天然氣、棕櫚油、咖啡、橡膠等產量豐富,但亞齊卻也是印尼最窮的省份之一。
「我們的教育水準低落,孩子渾然不知外面的世界有多麼進步,」曾為亞獨游擊隊的慈濟大愛村民薩揚表示,他知道許多同鄉在外地做生意都很成功,但為何聰明努力的亞齊人在自己的土地上卻貧窮落後?這是他加入亞獨的原因,也是亞獨從成立之初僅由七十多名知識份子發起,擴張到2003年正式成員5,500多人、游擊隊3萬人的原因。

部份亞獨游擊隊員解甲歸田後入住大愛村,擔任亞獨發言人的長官賽德.穆罕默德(左二)久聞慈濟美名,前來一探究竟。左一為慈濟志工艾達,右三為前「叛軍」薩揚,右一、二為他同儕。