「將軍一號」打撈三部曲
1990年左右，台灣媒體紛傳澎湖漁民黃加進發現了沉船，這個消息在台北吵了5年（見〈將軍出水骨未寒〉），最後在立委及輿論的壓力下，當時主管國家文物的教育部才交辦國立歷史博物館進行探勘與水下考古挖掘。
現任史博館館長黃永川，當時是計畫副總主持人，面對從未做過的水下考古，他說，當時只能「土法煉鋼」，把圈出考古現場的「探方」、鏟子、圓鍬等陸上田野考古的方法及工具，參考移用於水下考古。
1995年9月4日，奉命在4個月內臨時成軍的史博館人員約14人，加上由海洋科技人員組成的社團法人中華民國海下技術協會潛水員11人，將探測船開至澎湖外海，由黃加進協助指認，鎖定望安島、將軍嶼，以及無人島「大塭」之間的海域進行搜尋。
9月4日至7日上午，潛水員下水多次，均未發現可疑船隻遺骸或殘片古物，一度懷疑黃加進沒有吐露正確沉船地點。
但就在7日下午潛水員二度下水時，在大塭西北方海底，發現些許青花瓷器的殘片與排列整齊的陶罐。8日再出海，黃加進伸手往大塭東北方一指，再由探測船進行導航定位與側掃聲納掃描，顯示在東經119度、北緯12度位置水下19公尺處，距離水下礁岩約4.5公尺之砂質底床上，堆積著排列整齊的大量陶器文物，並隱現一個船形物體，翹起的兩邊作東、西向排列，間距（船隻長度）約5公尺，寬約3公尺。
6天之後，9月13日，當時擔任教育部長的郭為藩在澎湖召開記者會，按照考古慣例，將這艘在將軍嶼附近發現的沉船，命名為「將軍一號」。
之後，史博館加快腳步，以沉船位置為中心，在水下劃出長150公尺、寬80公尺的區域，再從中切割成數個5公尺平方的探方格，作為文物採集的範圍。
「初步起出文物82件，以陶器最多，形式以罐、缽、甕為主，並發現白瓷器及青花瓷器，推測是清代中期的文物，」當時擔任水下發掘小組執行秘書的史博館副研究員楊式昭說。
但由於並未實際發現船體，所以隔年（1996）進行第二次水下試勘。這次把範圍縮小至將軍一號周圍約50公尺平方的海床，探方布設也縮至2.5平方公尺，終於在1996年9月14日深挖海床時，發現船體舷板殘木，推測是一艘清代中期載運瓦片建材及陶器貨物、行經台澎海域的木造平底運輸船，實測大小為長21公尺，寬4.15公尺，排水量約350噸。
1998年，史博館第三次試掘將軍一號，此回最重要的成果是在船上發現一枚「乾隆通寶」銅錢，足以確證將軍一號的考古年代在清乾隆以降，迄今約150年。
總計3次探勘，共出水將軍一號船上文物284件，目前皆由澎湖文化局維護。但由於船體木質結構已經鬆軟，出水後勢必毀壞，所以僅起出少許碎木，主要結構保持原狀態留在海底。
史博館於1998年完成任務、出版考古報告，並於2000年在澎湖當地舉辦兩岸水下考古研討會及將軍一號沉船文物展。2002年，馬公港內也傳出疑似埋有沉船，史博館擬訂計畫呈報教育部申請水下考古核准，但遭到擱置。此後，雖然學界仍偶爾聽聞澎湖或東沙群島海域疑似發現沉船，但因水下文物的考掘只是教育部極邊緣的業務，因此正式的水下考古工作幾乎完全停頓。
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