七月中旬，除王金平一改平日謹言慎行的姿態不斷論及「聯合政府」，國民黨主席連戰也表示應由國會多數黨組閣，以打開行政、立法互動僵局。兩人說法立刻遭到總統府副秘書長陳哲男與民進黨立委譏諷，指出國民黨此說是為了對抗阿扁的「全民政府」，而不管聯合政府、還是雙首長制，國民黨如今輸了擂台，竟然還想向得勝者要求分獎金。
事實上，新政府上任以來，聯合組閣、聯合政府的說法並非頭一遭，但最近兩個月來，新政府面對強勢在野黨國會，政策不斷遭到杯葛，往往法案一進立法院，隨即被改的面目全非，至今餘波盪漾的工時案就是一例。民進黨立法院黨團副總召集人李文忠稍早也曾呼籲陳水扁總統組聯合內閣，雖然總統府副秘書長陳哲男表示只是立委個人意見，但已透露出新政府在立法院多數反對黨壓力下，施政備受掣肘，亟待結合其他反對黨力量以求突破。
此外，在許多政策上，國會得不到新政府回應，因而認為新政府不重視協商溝通。隨著七月四日新政府上路後首次立院總質詢開始，府、院、國會關係更加惡化，王金平「聯合政府」的一連串動作，就被視為國民黨啟動新一波戰術的先鋒。
對於國會的強硬態度，陳水扁總統則表示新政府不應受制於舊國會，若國會對新政府政策事事掣肘，比如當國民黨立院黨團揚言降低下年度公債上限，為財政惡化苦惱的新政府無計可施，總統將可以借「倒閣」解散國會，重新改選立委，讓「新民意」來配合新政府的運作。「新民意」、「舊民意」之說一時成為各界熱烈討論的話題。
從近兩個月新政府運作的窘境看來，有人認為全民政府終究敵不過憲政運作的力量，因此建議陳總統應放棄「全民政府」，落實政黨政治。尤其經過多次修憲，立院權力膨脹，在國民大會虛級化後，任何政黨若在立法院掌握過半數，即可讓行政院變為立法院的行政局。
至此，問題又轉移到憲政體制應如何運作上。有學者指出，今天各式各樣的政治困局，可以說是一九九七年國、民兩黨聯手修憲的後遺症，當初主其事者堅稱「雙首長制」最為可行，設計上卻以執政黨為當然多數政黨，一旦執政黨成為少數黨，總統、行政院、立法院三角關係便不能等距平衡，乃有今日「全民政府」與政黨政府的爭議。
立法院執政黨團總召集人鄭寶清也承認，全民政府的運作的確有一些問題存在，如果不及時化解，恐怕很難順利進行九月份立院總預算審查。之前曾提出組成聯合內閣的前民進黨主席施明德則認為，新政府想解決目前的亂象只有回歸憲政基本面，籌組執政聯盟，但他也提醒，組聯合內閣的最佳時機其實是在選後國民黨潰不成軍之時，目前在野黨已經逐漸集結，以工時案為例，國民黨成功修改行政院政策，現在跟在野黨談聯合政府，執政黨討不到任何便宜，若真的回歸到雙首長制精神，民進黨恐怕連聯合政府的主導權都沒有。
對於行政、立法兩院間的紛擾，親民黨主席宋楚瑜也認為，新政府成立之初，未顧及國民黨在立法院多數的事實，拒不籌組聯合政府，才導致今天新政府政策連連受挫。宋楚瑜呼籲新政府要建立政黨間溝通管道，但前提必須執政黨內部對政策有所共識。
陳水扁總統則透過立委沈富雄表示，不論民進黨在明年年底的立委選舉是大贏、中贏或小贏，都應該籌組聯合內閣，以利政務的推動。但目前新內閣組成還不到兩個月，若是改採聯合內閣，內閣勢必重組，無異是「國際笑話」。短期內新政府仍將透過溝通協調來解決問題，長期則將以修憲方式釐清憲政體制。
中國時報社論則指出，選舉出身的國民黨立委，只是將聯合政府視為政黨競爭的新議題，以聯合政府的口號凸顯新政府「全民政府」的運作困境。在野黨基於政治考量，現階段作法是凸顯新政府的問題，以累積明年年底立委及縣市長選舉的能量，所以目前不太可能和執政黨共組聯合內閣。王金平也表示，即使新政府堅不組成聯合政府，只要行政、立法互動良好，互相尊重，新政府政策未必不能推展。
反之，如果政治人物提出的各種政策都只為選戰與權位考量，而非由國家整體利益出發，則不管全民政府或聯合政府，恐怕都將如政治大學社會系教授顧忠華所說的，「全民政府只是動聽的口號，缺乏實際的權力基礎，而聯合政府則像不穩定的合夥關係，在政黨彼此互信不足的情況下，隨時可能散夥。」
全民政府或者在政治現實中難以運作，但全民利益則是民主政治的終極目標，執政黨、在野黨、多數黨、少數黨，都不能輕忽。人民的眼睛雪亮，選舉便是民意最好的檢驗，寄望政治人物放下權謀，捐棄成見，以全民利益為考量，儘速達成政策共識。
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面對在國會佔多數的在野黨，新政府在總質詢時備感壓力。（張良一攝）
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