憲政改革
憲政改革，一直是陳總統就任5年來戮力以赴的目標。
總統在2004年5月20日的第二任就職演說中指出，憲法是國家的根本大法，也是政府與人民的契約書。我國憲法囿於當初制定時的時空背景，雖經李登輝總統任內6次修憲，仍然不符合當前及未來所需。為了確立民主法治的根基，並徹底釐清三權分立或五權憲法、總統制或內閣制......等爭議，必須進行憲政改造工程。
總統同時重申，在國內各政黨還沒有形成共識之前，憲改不會觸及所謂國家主權、領土改變或者統獨的議題。總統希望在2008年卸任之前，能夠藉由憲改工程的推動，交給台灣人民一部合時、合身、合用的新憲法。
為了避免重蹈過去6次修憲治絲益棼的覆轍，總統強調，憲改工程不應該由一人或一黨主導，更不能只著眼於一時之便，因而將邀請朝野政黨、法界、學界及各領域階層代表共組「憲政改造委員會」，總統府並設置推動小組，以籌辦、催生憲改會。
從2000年第一次政黨輪替、2004年第一次公民投票，到今年5月14日任務型國代選舉，後續若能複決通過立法院去年8月所提的國會改革憲改案──包括立委席次減半（由225席減為113席）、單一選區兩票制、廢除國民大會，並通過公投入憲，將現行憲法由國民大會代表複決立法院的憲法修正案部分，改由人民透過公投來複決，如果一切順利，阿扁總統第二階段的憲改將可劃下一個完美的句點。
整頓金融──金融六法
除了憲政改革外，面對全球經濟景氣不佳的情勢，陳總統上任後即將發展經濟視為政府施政的第一要務。他曾明確表示，要以「台灣優先，經濟優先，投資優先」三大優先與「全面招商、吸引外資、活絡經濟、創造就業」四大方向，作為政府努力的目標。
陳水扁總統更將2001年訂為「金融改革年」，力促金融六法通過立法，為此立法院還破天荒地加開臨時會。
被視為提振經濟「強心針」的金融六法，範圍括及金融重建、存款保險、票券、營業稅等法案，將迫使經營不善的金融機構退出市場，促進金融機構合併走向大型化。這些新改革有助於消除目前金融機構產品惡質化、獲利能力下降、競爭過度等問題，施行至今，已成功降低銀行逾放比；外資持有台灣公司股票的數值，也比5年前大幅增加2.5倍，達到3兆3千億元，顯示國際市場對台灣的信心。
組織再造與稅制改革
此外，陳總統在政府組織再造和稅制改革方面，都展現了「捨我其誰」的魄力。
2000年5月20日，總統在首度就職演說時就指出，為了面對日益激烈的全球化競爭，確保台灣的競爭力，必須要建立一個有活力、有高度彈性和應變力的新政府。未來將加速精簡政府的職能與組織，轉型成為「小而能」的政府，並積極與民間建立夥伴關係。
2004年9月，行政院完成了「行政院組織法」修正草案，將目前的36個部會，大幅減併為13部、4個委員會和5個獨立機關，此一歷經17年、8位行政院長的政府組織再造工程，終於跨出了歷史性的一步。未來若能獲得立法院的決議通過，則台灣的政府行政效能應可大幅提昇。
另一項艱鉅改革則是財政及稅制。在長年積弊下，從5年前總統就職開始，政府財政年年惡化，近年來舉債情況更是令人怵目驚心。鑑於稅收是國家財政的主要來源，稅收嚴重不足將造成政府赤字，不僅債留子孫，同時也嚴重影響施政效能及國家競爭力，因此改革已是迫在眉睫。
今年2月，財政部宣示啟動稅制改革，包括：調降遺產及贈與稅、土地增值稅，以及調高營業稅率等。財政部長林全在立法院進行報告時也表示，對於當前正積極推動的最低稅負制──對有能力繳稅的企業或個人課徵最低稅率──提出了6月底完成改革草案、9月底前由行政院送請立法院審議的時間表。
鞏固外交不遺餘力
陳總統發動的一連串改革，已在各部會間如火如荼進行中，即便是最艱難的外交工作，也越挫越勇。
在陳總統就職滿5週年前夕，傳出諾魯與我國恢復邦交，成為我國第26個邦交國的外交捷報。
事實上，為了鞏固外交邦誼，陳總統自就任以來，便積極推動以民主、人道、環保、經貿及睦鄰為主軸的全民外交，年年走訪中南美洲、非洲及南太平洋各友邦。今年4月，總統更親赴梵蒂岡出席教宗追思彌撒，創下我國元首訪歐先例。這些努力，也在在顯示總統奮力突破中共在國際間對台灣的打壓封鎖，希望台灣的外交之路越走越寬。
5年來，陳總統一步一腳印地在實踐「台灣站起來，走出去」的願景，過程中，台灣經歷了有史以來第一次經濟負成長以及前所未見的SARS百年大疫，所幸都安然度過。展望未來，改革的阻力仍大，在陣痛期中也不免有所跌撞折衝，唯有全民團結，做為總統的後盾，才能讓台灣越挫越勇，讓福爾摩沙的美麗在國際上發熱發光。
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