民航局長張有恆於十月一日正式宣佈,即日起中菲定期航線暫時停航,配合航線的終止,兩國的航空公司定期航班將暫停營運,而未來是否復航,將視雙方進一步諮商結果決定。未來的諮商則將透過中菲官方代表處,不再以航空公司的非正式管道進行。
由於台北至馬尼拉的航線原來就只有華航、長榮、與菲航三家航空公司經營,停航後,旅客必須改以在香港轉機的方式往返兩地,票價與飛行時數都將大幅增加,商務旅客受到影響最大。
中菲航權問題的協商在今年二月就由華航、長榮、與菲航三家航空公司以非正式管道方式接觸。根據菲航助理副總龔薩加表示,菲航現有二十七架飛機,但員工人數超過八千人,一九九八年宣佈倒閉,在現任董事長陳永栽接手後,才得以繼續經營,由於菲律賓政府表明不能再倒閉、不能裁員、政府也不會出錢,但在菲航每天虧損新台幣一千七百萬,目前又負債高達二十二億美元的情況下,遂欲以航權談判方式解決菲航的虧損問題。龔薩加說,談判修約要求縮減機位並非只針對台灣,菲律賓也已開始與阿拉伯聯合大公國、南韓等國家談判修約。
以菲國的立場來看,關於航權的談判,是菲國政府為了挽救陷於財政危機的菲航,而將菲航在台北馬尼拉航線中載客率不足的狀況歸因於我國航空公司的激烈競爭。但長榮與華航都表示,在中菲航線上,菲航的票價都比長榮、華航來得低,根本沒有我國航空公司惡性競爭的情形。華航目前每週可飛航中菲航線的座位數是五千六百人,長榮為三千九百人,載客率各為七成與八成,佔二公司營運的百分之三與二左右,所以兩家航空公司都不願意減班。
由於航空公司談不出結果,七月底,由官方接手。談判中,菲國提出修改一九九六年雙方代表處簽訂的「中菲交換航權協定」。
根據航約規定,馬尼拉與台北的航線,兩國各可提供九千六百個座位,由於菲國目前只提供二千八百個座位,他們認為華航與長榮座位多,可載運大量從台北轉機美國、中東的旅客,使菲航連飛美國、中東的業績都大受影響,營運日益困難,遂要求中菲航線我國籍航空公司的每週座位由九千六百個降至四千個,超出的部分,菲航及台灣航空公司必須利潤分享,利潤分配的方式不限於共用班號或支付權利金,且菲航有權利增加航班因應增加的旅客量。我方表示諒解,但提議每週機位數只能降至六千五百個,利潤分享的方式違反平等互惠原則,不能接受。
菲國見談判陷於僵局,以只承認一個中國為理由,片面認定一九九六年簽訂的「中菲交換航權協定」屬民間技術協定,得在六十天前通知我方撤銷對協定的承認,我方若不接受,我國航空公司飛航菲國之營運權將在九月三十日終止。
由於菲國對我國家主權採否定的態度,事關國家尊嚴,國內輿情譁然,接下來兩個月,菲方又片面將每週座位數從四千個降到三千個,並通知我方自十月一日起廢止我方航約,在交涉未果、談判破裂的情形下,我國終於宣佈十月一日起停航,並表示,新的航約談判必須在舊航約被承認與尊重的情況下始可再進行。
中菲談航權談判中,菲國欲以政治力介入商業經營,已違反國際慣例及自由市場經濟法則,而與航權談判同時進行的「中菲直接聘僱勞工計劃備忘錄」協商中,菲國也曾不承認「中華民國」。國家的談判必須尊重相互主權,並以平等互惠為原則,不該片面考慮己方利益,忽視對等協商的誠意。近年來中菲經濟互動頻繁,兩國關係一旦惡化,菲國利益的損失未必小於我方,盼兩國皆能在互惠、對等原則下,解開僵持的態勢,早日重開協商大門。