新總統的就職典禮於五月二十日當天早上九點在總統府舉行，總統、副總統陳水扁與呂秀蓮在司法院長翁岳生的監誓下，完成就職宣誓。隨後陳水扁接受立法院長王金平授與「中華民國之璽」、「榮典之璽」、「總統之印」與「總統之章」，並於總統府簽署第一道人事命令，任命唐飛擔任行政院長，張俊雄為總統府秘書長，莊銘耀為國安會秘書長。緊接著唐飛也簽署行政院各部會首長名單，由總統任命並主持宣誓典禮。
這次總統就職的創新點為，上午十一時，新總統在總統府前廣場向台灣人民宣誓，並發表就職演說。
典禮在原住民傳統歌謠與歌手張惠妹的國歌聲中展開，上萬名中外貴賓、華僑、與民眾參與。國歌之後，陳水扁隨即發表就職演說：《台灣站起來──迎接向上提昇的新時代》，萬人的場子屏息以待：他會提「一個中國」嗎？不只是場內，千百萬的國內外民眾與媒體也豎起耳朵。
在四千五百字、長達四十分鐘的篇幅中，他向世界表達台灣人民和平完成政黨輪替，與堅持民主政治的決心，闡述「全民政府，清流共治」的主張，宣示新政府並將秉持這項主張，完成國內包括治安、經濟、環保、災後重建等各項議題的考驗。
在兩岸議題上，陳水扁指出，兩岸人民源於相同的血緣、文化與歷史背景，相信兩岸領導人有智慧與創意，共同解決未來「一個中國」的問題。他並保證在其任內不會宣布獨立，不會更改國號，不會推動兩國論入憲，不會推動改變現狀的統獨公投，也沒有廢除國統會與國統綱領的問題。
對國際社會，他也允諾將對國際人權的維護作出更積極的貢獻，台灣將遵守包括「世界人權宣言」、「公民與政治權力國際公約」、及維也納世界人權會議的宣言和行動綱領。新政府並將敦請立法院通過「國際人權法典」，使其國內化，成為正式的「台灣人權法典」。
在陳水扁演講之後，國內各政黨也發表他們的意見。國民黨陸工會主任張榮恭表示，陳水扁的兩岸主張缺乏創意，雖然暫時解除危機，但仍未化解僵局。親民黨與新黨則給予肯定，親民黨秘書長鍾榮吉認為陳水扁已向對岸表達善意，但國家發展方向的主張則不夠宏觀；新黨全委會召集人郝龍斌則認為陳水扁迂迴表達一個中國，應予肯定。
中共在極短的時間內也回應了陳水扁的演說，對陳水扁迴避「一個中國」問題表示不滿，但也提到若兩岸回到一九九二年各自以口頭表述「一個中國」的共識，將可再啟談判大門。
美國總統柯林頓則肯定陳水扁的做法是務實而具建設性的，他希望兩岸能盡快展開對談。
日本政府也正面評價陳水扁的演說，外相河野洋平表示，日本希望兩岸可以在台灣新總統就職後進行對話，和平解決台海問題。
此番參與總統就職大典的貴賓，除了包括我邦交國元首、代表，及關係友善國家之訪問團外，中共三代民運人士代表林希翎、魏京生與王丹，一九八三年諾貝爾和平獎得主、波蘭前總統華勒沙，都給予陳水扁正面評價，並且表達支持台灣堅持民主自由和平的決心。
五二○當天國宴設在圓山飯店，陳水扁並在不同樓層同時宴請民進黨人士，黨主席林義雄在宴會中期勉黨員同志「應在權力的面前謙虛」。
台北的總統副總統就職慶祝晚會在五二○當晚於中正紀念堂廣場舉行，高雄慶祝晚會則於五二一晚上在體育場舉辦。國內更有多項慶祝活動，國父紀念館就特別舉辦《中華當代百家藝術大展》表達祝賀，各種總統就職紀念商品，如紀念酒、紀念金幣、紀念筆等也順勢推出，很受歡迎。
在各方的期待之下，五二○只是一個新時代的開始，如何譜下和諧美麗的新曲，則要靠政府的努力與全民的睿智。
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五二○當天陳水扁（左）在總統府前發表就職演說，宣示新時代已經來臨！圖右為副總統呂秀蓮。（邱瑞金攝）
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為凸顯阿扁的草根性，五二○國宴菜色以台灣小吃為主。圖為外賓在圓山飯店國宴會場展示古色古香的扇形國宴菜單。（薛繼光攝）
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知名歌手張惠妹在就職大典上演唱國歌，嘹亮動a人的歌聲使人熱血沸騰，然而隨後卻傳出她的廣告、歌曲遭到中共封殺，兩岸治政角力殃及文化交流，藝人何辜？（邱瑞金攝）
為凸顯阿扁的草根性，五二○國宴菜色以台灣小吃為主。圖為外賓在圓山飯店國宴會場展示古色古香的扇形國宴菜單。（薛繼光攝）（薛繼光攝）
知名歌手張惠妹在就職大典上演唱國歌，嘹亮動a人的歌聲使人熱血沸騰，然而隨後卻傳出她的廣告、歌曲遭到中共封殺，兩岸治政角力殃及文化交流，藝人何辜？（邱瑞金攝）（邱瑞金攝）
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