八月十三日,陳總統邀請國內各媒體主管進行「看見台灣進步之旅」時,主動提出「兩岸直航三階段說」。他指出,第一是準備階段,首先讓兩岸務實面對貨運便捷化措施,接著第二階段是協商,希望在明年大選後展開兩岸直航談判,第三階段是實現,明年年底前應可循序推動落實直航。
陳總統表示,明年大選後展開協商,只是希望達成原則性結論,所有細節不可能一次到位,要循序漸進。他也強調,只要企業能夠將研發、營運總部及核心技術留在台灣,他支持企業赴大陸發展。
在「兩岸直航三階段說」出現後兩天,行政院陸委會公布「兩岸直航技術評估報告」,宣布政府推動直航的準備工作,其中海運將以現有的四個國際商港作為第一步開放港口,並採定點、定線、定時規劃;空運直航則以桃園中正機場、高雄小港機場為主,排除了位在台灣首善之區的台北松山機場參與直航的可能性。
針對直航可能危及國防安全的問題,國防部長湯曜明表示,空運直航應循原有國際航路飛航,禁止橫跨台灣海峽。他分析,台灣海峽最短距離從新竹到福建平潭只有七十浬,就防衛作戰來講,縱深淺、預警短,空中奇襲只需三、五分鐘,如果貿然接受對岸飛行器直飛台灣海峽,對國防安全將造成重大衝擊。
軍方評估,目前民航機航線與我戰機皆採南北向飛行,對岸若有東西向直飛的動作,雷達極易偵查,但未來若開放兩岸最短距離直航,除了可能形成民航地面管制與戰略上的混淆,也會出現空防死角。此外,國際機場及港口為因應直航的安全措施,須增加一千五百多名人力,加上其他各種國防事項調整,整體成本相當龐大。
由於數日前陳總統才在民進黨中常會上表示,「一邊一國」和「全民公投」是民進黨的黨魂。因此針對陳總統「兩岸直航」時間表的談話,國、親兩黨立院黨團質疑,行政院此次的評估報告,推翻了過去由海基會或民間團體先行與大陸協商的前例,強調必須由政府主導,但又無法交代大陸對於「一邊一國」的接受程度如何?是否願意依陳總統的時程就兩岸直航與台灣協商?在野黨批評,陳總統的「明年底直航」是跳脫行政系統的即興之作,陸委會的評估報告也只是替陳總統事後「背書」,此外,執政黨若有誠意推動直航,執政三年來為何遲遲不進行,卻選在大選前來這「臨門一腳」,也引起輿論質疑。
雖然在野黨對直航時程持高度懷疑,但學術界和企業界仍表歡迎。中華經濟研究院研究員高長認為,只要能啟動直航,無論哪個港口或機場先行開放,對產業界都是正面的。台灣區電機電子公會理事長許勝雄則說,如能做到「貨比客先行」,除電機電子業每年可節省數百億元的轉運費用外,關鍵零組件與高附加價值組裝業,才有留在台灣生產的機會。
輿論分析,由於明年大選在即,兩岸協商難有重大進展,陳總統的直航談話是一篇「進可攻、退可守」的宣示。而陸委會提出的直航評估報告,只是做「球」給中國大陸,因為是否能達成直航目的,還需看大陸如何反應。