二月二十五日，陳水扁總統於全國行政革新會議講重話，痛批行政效率不彰，並舉出二二八紀念日是否休假爭議、九二一震災重建進度落後、高鐵影響南科園區、中二高通霄大甲段工程落後百分之三十，以及阿瑪斯號漏油事件等五例，事例具體，言辭沉痛。總統同時也點名相關主管部會，包括交通部、環保署、人事局等首長，引起社會囑目，輿論譁然。
在陳水扁總統的重砲批評後，內閣改組成為二十七日朝野立委質詢的焦點，而墾丁油污案的負責層級；核四爭議中的經濟部，以及因漢語拼音及教改等事件幾度引起話題的教育部都被一一點名。之前研考會針對墾丁油污案提報懲處交通部長葉菊蘭、環保署長林俊義、副署長李界木等三位政務官的報告，也成為各界揣測內閣改組的依據。
三月二日閣揆張俊雄表示將中幅改組，當晚便召開核心會議，開始約見相關人選。五日行政院正式對外宣佈人事改組案，使媒體上喧騰一時的內閣改組終於底定，共有三個部會首長異動：環保署長林俊義、原子能委員會主委夏德鈺、國科會主委翁政義，分別由新黨立委郝龍斌接掌環保署，政務委員胡錦標掌原能會以及交通大學副校長魏哲和出掌國科會。胡錦標所留的政務委員遺缺，由中央研究院經濟研究所所長胡勝正接任。
卸任首長中，環保署長林俊義將轉任駐甘比亞大使；國科會主委翁政義將重返教職；原能會主委夏德鈺可望轉任經濟部國營事業。
而事先傳聞將有異動的教育部長曾志朗、經建會主委陳博志、經濟部長林信義，乃至被媒體大幅炒作的研考會主委林嘉誠、人事行政局長朱武獻都沒有異動。交通部長葉菊蘭也接受高層慰留，並已恢復上班。
除了新任國科會主委魏哲和外，新任環保署長郝龍斌、新任原能會主委胡錦標及新任政務委員胡勝正，都是去年三一八陳水扁總統構思新政府時的老面孔。去年，郝龍斌原基於政黨理念歧異並沒有同意出任環保署長。而當初被屬意為經建會主委的胡勝正，也以學術研究理由婉拒入閣。另外，胡錦標本來就是國民黨政府時期的原能會主委，在出任政務委員後，本次臨危授命回任原能會主委。
面對政府的改組，在野各黨對於改組名單依然砲聲隆隆，國民黨立院黨團書記長鄭永金指出，內閣改組名單未能符合人民期待和需要，民進黨政府仍以意識型態主導一切，最該下台的經濟部長林信義並未下台，顯示改組只是「換湯不換藥」。親民黨立院黨團發言人黃義交則批評改組未能對症下藥，只是「隔空抓藥」，不符人民期待。
新黨黨團副召集人賴士葆則較持平，他指出，被撤換的首長都是陳水扁總統在行政革新會議時點名批評的單位首長，就事論事，無可厚非，但改組幅度仍偏低，宜再擴大。
民進黨政府執政未滿一年已二度改組，顯示求好心切，勇於反省改革。但不可否認地，這是中華民國在台五十五年來第一次的政黨輪替，無論是執政黨還是在野黨都在學習如何稱職的發揮應有功能，而在這前所未有的政治變革中，台灣民主將會漸漸成熟。面對一波又一波的問題與挑戰，相信調整步伐後的新內閣將會致力追求效率與默契，迎向新世紀。
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新任環保署長郝龍斌、國科會主委魏哲和以及原能會主委胡錦標走馬上任，首先赴立院說明施政理念。（朱杰攝）
