攸關「兩稅合一」制度的「所得稅法部分條文修正案」，已於八怳誚~十二月二怳誘擖悒萿k院三讀通過，今年元旦起開始實施，租稅結構將改變，國內經濟景氣也將獲得刺激。
「兩稅合一」主要是消除營利事業所得稅和綜合所得稅重複課徵的情況。過去，若是公司已被課過百分之二怳酊瑰蝘Q事業所得稅，分配給股東的其餘百分之七怳酊漯悝Q中，還需依股東個人適用稅率課徵個人綜合所得稅，等於重複課稅；未來，這個重複的部分，個別股東在報稅時可以扣抵。兩稅合一實施之後，股東可省下被重複課稅的部份，而公司部分每年將加徵保留盈餘百分之怐瑰蝘Q事業所得稅，如此可降低公司藉保留盈餘規避股東稅負的誘因，並且可對稅收流失的部分稍做彌補。
我國可說是繼國際上包括：英、德、新加坡等國之後，第二十二個實施兩稅合一相關辦法的國家，未來稅制又朝向現代化的方向邁進一步。
兩稅合一除了避免重複課稅，更可以兼得建立公平租稅環境的好處。一方面，股利的稅負比率主要由股東個人適用的稅率為計算基礎，所得稅率低於百分之二怳酊漱H還可以退稅；另一方面，兩稅合一之後，公司繳納的營利事業所得稅可由股東扣抵，企業的營利事業所得稅實質上等於零，因此適用於「促進產業升級條例」的企業，例如過去享有五年免營利事業所得稅優待的高科技產業，認為他們在稅負方面所享有的競爭優勢受到影響。但財政部指出，享有租稅優惠的產業，由於無需先繳百分之二怳酊瑰蝘Q事業所得稅，可免除資金積壓，減少利息負擔，還是較一般企業優惠。
財政部長邱正雄指出，兩稅合一產生的減稅幅度，能夠促進投資消費，提升內需市場的景氣。另一方面，現在對保留盈餘加課百分之怐漫珣o稅之後，也有助於推動企業將盈餘分配給持股人，以及轉增資以節稅；在個人方面，扣抵所產生的餘額，將增加投資、儲蓄或消費意願，反而可以收乘數效應，使景氣提升，增加稅收。
兩稅合一是總統李登輝於八十五年就職演說時所開出的支票，眼看已然兌現，不過為了使租稅情況更公平合理，「促進產業升級條例」、「中小企業發展條例」都需再加以修改。同時，短期內可能造成的稅源流失問題需要財政部設法調整；另一方面，沒有持股投資的薪水階級從兩稅合一能夠得到的好處其實很少，因此財政部在完成兩稅合一後，今年的重點工作將放在取消軍教免稅、企業股東投資抵減等租稅優惠，將增加的稅收回饋給一般的薪水階級，以維護租稅公平。
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