提供獎勵誘因
彈薪方案的具體作法，主要是在原本「年資俸」的基礎上，創造納入「功績俸」概念的變動薪資，以利各校留才與攬才。
財源則來自教育部及國科會的補助。前者由「邁向頂尖大學」（俗稱「五年五百億計畫」）與「獎勵大學教學卓越」兩項計畫中各保留10%經費，供各校彈性使用；未入選兩項計畫的學校，則可向教育部申請另行加碼的1億元補助。
國科會方面，則由每年各大學及研究機構所獲專題研究計畫的業務費提撥6.5%、約10億元作為獎勵，國科會計畫拿得多的學校，可供運用的獎勵金也較多。
國科會副主委張清風指出，彈薪制度實施一年多來，已有120所學校、共3,700名教授及研究人員獲得獎勵，每人每月補助金額約1~20萬元不等，留才的效果顯著。
「例如之前中興大學曾回報，薪資低、工時長的『臨床獸醫師』常被挖角到中國大陸，但彈薪實施後，情況改善很多，」張清風說。
中研院長翁啟惠也表示，過去中研院新進助研究員的薪水僅有6~7萬元，和國外十幾萬元的起薪，差異太大，彈薪實施後，特別將30%的經費用於改善新人待遇，助研究員表現優異者每月最多可加薪5萬元，對留才及攬才均有極大助益。
彈薪方案的校際不平等現象
然而，制度改革立意良善，但遊戲規則既是人制定的，就可能出現不公平。
某大學經濟系教授私下表示，每次系務會議討論彈薪分配時，就像是「分贓大會」，資深且把持行政資源的教授往往「自肥」，而研究能量較強但影響力較小的年輕教授，永遠只能撿「剩 下」的。
政治大學校長吳思華也批評說，目前彈薪財源主要來自教育部的「頂大計畫」與國科會經費，換句話說，原本就在這兩個單位拿到較少補助的學校，可分配的獎勵金自然也隨之減少。例如台大在「頂大計畫」拿到30億元，就有3億元可用於彈薪；清大12億元，有1.2億元可供統籌，但政大只拿到兩億元，只有兩千萬元的加薪幅度。
其次，以國科會審核通過的計畫總數作為標準也不恰當，因為國科會向來多補助理工領域，人文領域少受青睞。
「政大老師會比台、清、交不優秀嗎？為什麼我們的獎勵就相對較少？何況人文領域的老師，不必被實驗室及研究團隊牽制，被挖角的『機動性』與可能性反而更高，」吳思華嚴肅地說。
對此現象，行政院政務委員朱敬一表示，目前的彈薪作法確實有「重理工、輕人文」的疑慮，未來除了國科會外，或許可將教育部、經濟部、農委會等其他部門的研究計畫總數一概納入評比，好為人文與社會科學見長的大學增加獎勵誘因。
至於各校如何「公平」分配獎勵金？朱敬一強調，基於大學自治原則，政府不該介入太多，但或許未來主管機關可「善意」要求各校必須提撥一定比例改善新人待遇，以落實「照顧資淺」的精神。
有限資源必須花在刀口上，彈薪方案啟動我國公教研分軌的新局，賦予學界更多的留才籌碼，值得肯定。站在全球搶人的起跑點上，台灣不能輸。
