「當我打電話告訴家庭醫師時，他還不敢相信腸病毒感染會致死，他也未曾接到衛生署的通知……我只希望藉由這些不幸早逝的孩子，提醒政府、醫界全力防堵，讓其他家庭不必再承受與我相同的喪子之痛。」……

五月下旬，國內陸續傳出多名幼兒因手足口病致死，掀起這一波為人父母聞之色變的腸病毒風暴。總計到六月底為止，這一波病毒感染已奪走五十多條人命，二百多人因而住院治療。

民國七十年和八十二、三年間，腸病毒也曾流行，不過並未像這次一樣出現許多兒童在短時間內猝死的情況。長庚兒童醫院感染科主任黃玉成認為，國內大多數兒童沒有抗體，所以都可能遭受感染。台大醫學院小兒科名譽教授李慶雲甚至預估，腸病毒將波及五、六十萬名孩童，加上成人至少可達上百萬人。影響所及，台北市政府六月底宣布國小以下學童停課，並關閉所有學校游泳池，而今年的宜蘭「國際童玩節」也已決定停辦。

由於事態嚴重，醫界無不致力找出病因對症下藥，衛生署並請來美國疾病管制中心的三位專家協助處理疫情。六月中旬，經病理解剖證實，這次傳染病的禍首為腸病毒七十一型，傳染途徑為空氣、飛沫、糞便等接觸傳染，高危險群為三歲以下兒童，症狀包括發燒、咽喉與手足口部出現水泡。李慶雲指出，多數人的症狀都很輕微，甚至不發病，少數較嚴重的病患有活動力差、呼吸困難、嘔吐等症狀，有引發致命的腦炎、麻痺、肺水腫等嚴重併發症的危險。除了初步判定的腸病毒七十一型，三軍總醫院和台北榮總都檢驗出疑似腸病毒的變異株。至於致命原因，是病毒直接侵襲腦幹及神經系統，最後影響心肺功能而致命。

馬偕醫院副院長黃富源強調，腸病毒迄今仍無疫苗預防，也無特效療法，往往只能靠患者自己的抵抗力恢復，所以最好能將未受感染的兒童與病童隔離，並且養成多洗手的習慣。許多幼稚園和國小因此開始推廣洗手運動，也有部分幼稚園在傳出學童感染之後，索性宣布停課，以免疫情擴大。許多雙薪家庭因此面臨孩子沒人帶，又擔心孩子被感染的困境。民眾整日惶惶惑惑，終於引爆對政府防疫不周的不滿。

由於腸病毒七十一型並未納入現有的防疫通報系統，衛生署轄下各機構未能及早警覺，提出防範措施。事實上，去年起日本、馬來西亞、尼泊爾等國均已傳出疫情，世界衛生組織也曾表示關切。而早在四月中旬，各地七百多位定點通報的基層醫師即已向衛生署通報發現手足口病及泡疹性咽喉炎異常增加狀況，不過衛生署卻遲遲未做出反應，讓人質疑是否有推託延誤之嫌？直到五月底，長庚醫院主動向媒體發布腸病毒訊息，還遭衛生署質疑未經檢驗確定就公布，不夠嚴謹，極易造成假性流行。

長庚兒童醫院也對衛生署提出抨擊，指出該院五月初陸續出現手足口病死亡病例，而衛生單位直到全國已經二怳H死亡時，才開始呼籲醫學中心或醫院將病毒檢體送往鑑定，防疫工作顯有重大缺失。

在疫情不斷擴大，引起行政院長高度重視後，目前防疫處處長王立信已請辭，並且遭監察委員黃肇珩約談。為了亡羊補牢，中央健保局在六月八日決定，只要醫療院所申請，將以專案審查給付病毒鑑定和每公克高達三千多元的免疫球蛋白注射費用。不過由於經由血液萃取的免疫球蛋白不見得都有腸病毒七十一型抗體，而且較適用於免疫系統尚未成熟或是生命垂危者，因此面對許多主動要求施打及推薦免疫球蛋白的家長及醫師，也有專家持保留態度。

至於疫情嚴重到什麼程度應該停課，台大公共衛生學院流行病學研究所教授陳建仁指出，對疫情傳染的研判需要根據病原的傳染力、感染個案數、密度及二次傳染率的高低等流行病學統計資料及客觀的研判，而不是僅憑主觀的感覺。拒絕台中市公立幼稚園停課要求的市長張溫鷹指出，希望未來能夠建立正確的「防疫模式」，而不是動輒停課。

此外，目前國內的防疫政策、檢疫與疫情監視檢驗，分屬衛生署防疫處、檢疫總所和預防醫學研究所掌管，前防疫處科長莊凱全認為，這亟待成立事權統一的防疫總署來解決。至於已送立法院審議達七年之久的「傳病防治條例修正草案」，也必須再做檢視。不論調查結果顯示衛生署此次是否有疏失，未來人類和微生物的戰爭還有得打，在成立防疫總署以及完成修法之前，所有防疫工作仍必須加緊腳步進行。