●大白沙
位於綠島的最南端,沿岸海域水深超過十公尺以上有很多大型礁石聳立,甚至超出水面,在離岸五十公尺和兩百五十公尺遠的海面上,就可看到兩處巨礁的指標;由於礁石地形變化多,巨大的團塊珊瑚分佈,潛水人在洞裡鑽進鑽出時,可看到許多生物躲藏棲息。這裡附生著許多具有毒性的火珊瑚,潛水人若不慎碰到會引起麻辣火熱的痛癢,應儘量避免碰觸。
適合中級、高級水肺潛水。
●溫泉
位於綠島的東南角,處於東北季風的迎風面,近海遍佈著許多垂直向海的海蝕溝,也有許多大礁石遍佈在沙底上,海床緩慢向外下降。礁石上覆蓋的以石珊瑚為主,軟珊瑚較少。一艘貨輪三年前在此地遇難,船體沉入外海海床,景象陰森幽暗。
適合初級、中級水肺潛水。
●海參坪
位於綠島東岸,海陸交接處是一大片峭壁,海岸盡是礁石,海底也佈滿珊瑚礁和大型卵石,由於海裡地形複雜,海流也多變化。在近岸水深四公尺處珊瑚分佈較多,獨角天狗鯛成群游動。總體而言,這裡的海底景觀較缺乏亮麗特色。
適合中、高級水肺潛水。
●樓門岩
為綠島東北方的一塊突出海上的門形礁石,海流從中穿過,海面下也是垂直的峭壁地形,附著許多生物,其中以紅海扇最強勢。這裡水流有時相當強勁,須配合潮水潛水。
適合船潛,中、高級水肺潛水。
●雞角礁
位於綠島東北海域,為牛頭山外海五百公尺處、峭立海中的獨立礁。礁石高約四十公尺,頂端距離水面約五公尺。整個峭壁極為陡直,只有水深卅五公尺處才有一個小平台可供潛水人駐足,礁石上附生著大量海綿、海鞘和紅海扇。由於這裡水流湍急,因此潛水時要選擇背流區。
適合船潛,中、高級水肺潛水。
●公館
位於綠島北岸,鄰近海域受東北季風影響很大,海底礁石林立,地形複雜多變,近岸海底和大礁石之間為平台。整體來說,覆蓋在礁石上以團塊和表覆形石珊瑚為主,景觀較單調。
適合浮潛、初級水肺潛水。
●中寮
位於綠島西北角,為東北季風向風面,近岸處到處是突起的礁塊,礁上生物以石珊瑚為主,隨著往外海,水深下降,珊瑚種類繁多;礁壁上倒懸著許多叢生的紅海扇,放眼望去相當壯觀,值得一提的是這裡的海蛇較多。
由於黑潮在此外海匯流,因此沿著燈塔的方向有海流交會的波紋,在這裡潛水,須注意海流變化。
適合中、高級水肺潛水。