行政院內閣改組人事案於民國八十八年一月二十七日在國民黨中常會通過，計有國防部長、法務部長、陸委會主委、退輔會主委、公共工程委員會主委及行政院秘書長、一席政務委員異動，其餘皆留任。
新內閣改組名單為：參謀總長唐飛接任國防部長、國民黨副秘書長葉金鳳接任法務部長、總統府副秘書長蘇起接任陸委會主委、三軍大學校長李楨林接任退輔會主委、政務委員蔡兆陽兼任公共工程委員會主委、行政院秘書長由顧問謝深山出任、前台灣省副省長吳容明出任政務委員。
此外，國民大會也已在二怳迨擐璅洏q法、考試兩院人事同意權，通過翁岳生與城仲模出任司法院正副院長，黃越欽等三位出任大法官，郭光雄、蔡政文三位任考試委員。稍早，國民大會亦已通過監察院長錢復、副院長陳孟鈴與二十七位新任監察委員的任命。
此波人事案底定迅速，因此媒體「猜猜看」情況不若以往熱烈，倒是稍早蕭內閣是否需隨第三屆立委任滿而總辭曾引起輿論關注。雖然新修憲法條文中並未規定內閣應配合立委任期屆滿而總辭，但行政院為尊重立院及總統職權，蕭揆仍於二十一日提出總辭，並旋獲李總統留任。民調則有百分之五十九•六支持蕭萬長留任。
另外比較引起關注的是，由於原法務部長城仲模轉任司法院副院長、檢查總長盧仁發婉拒接任法務部長後，中央黨部副秘書長葉金鳳得以出線。即將成為中華民國首任女性法務部長的葉金鳳，曾任內政部長、最高法院法官、陸委會副主委等職位，並曾擔任李登輝、連戰競選總部副總幹事，與層峰關係密切。
新內閣敲定後，包括行政院長蕭萬長、各部會首長、司法院正副院長及大法官、監察院正副院長及監察委員等，都將於二月一日上午在總統府宣誓就職，隨即舉行新卸任首長交接典禮。
根據前不久發佈的民調，百分之五十七•六的民眾對行政院長蕭萬長一年來的施政表現感到滿意，對於蕭萬長的新閣，民眾最希望的是對「社會治安」與「經濟發展」的加強與改革。中央警察大學犯罪防治研究所所長黃富源則認為，蕭內閣推動的警政改革，例如引進「心理描繪技術」、「心理偵察技術」其實都具有相當的成效，可說是民國以來的最大興革，但一般民眾並不知道，所以續任後的蕭內閣應加強「傳銷與包裝」，才會使得政策推行順利。
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