黑嘴端鳳頭燕鷗是鷗科鳥類最稀有的一種，所以有「神話之鳥」稱謂。自一八六三年被正式命名之後，只有五筆。然而最近兩次一九八○年在泰國與一九九一年中國黃河三角洲雖都傳聞有所發現，但未被證實。
「他們混居在鳳頭燕鷗群中確實不易被發現，但我們所拍攝到的影片實在太清楚了，」梁皆得說，一般鳳頭燕鷗身長是四十五公分左右，最明顯的是尾端分叉如燕，頭部豎起如龐克頭的黑色冠羽，嘴部呈黃色。而黑嘴端鳳頭燕鷗最明顯的不同是，它在黃色嘴的尖端還有一抹黑。專家估計全世界可能不到一百隻，在世界鳥類紅皮書中被列為「瀕臨絕種」等級。
由於黑嘴端鳳頭燕鷗的資料實在太少了，沒有人能篤定描述它們的分布地、外觀、與習性。「我們可以依這次拍攝到的結果推測，它可能與鳳頭燕鷗類似，喜歡棲息於港灣、河口、島嶼，單獨或成對飛行，以魚蝦為食，」梁皆得說。
拍攝小組成員生態攝影家林顯堂說，這次發現的四對成鳥各孵化出一隻雛鳥。可惜的是，四對成鳥的棲息處與其他鳳頭燕鷗混雜，在那樣的環境中，很難分辨出黑嘴端鳳頭燕鷗的雛鳥外觀有何差別。後來由於風浪大，登陸困難，拍攝小組計劃被耽擱，再登上燕鷗保護區時，黑嘴端鳳頭燕鷗已經遷移，錯失進一步觀察雛鳥的機會。
民國五○到七○年代，馬祖地區每年有三十幾種鳥類在附近無人島上繁衍，最多時曾高達數萬隻。之後因居民濫拾鳥蛋，附近大陸船隻炸魚情形嚴重，數量急劇減少，連江縣政府因而在民國八十八年將北竿鄉的白廟、中島、鐵尖島、三連嶼、進嶼，南竿鄉的瀏泉礁，莒光鄉的蛇山，東引的雙子礁等八個無人島列為燕鷗保護區，並開始紀錄生態。
目前馬祖地區主要的夏候鳥有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、白腰雨燕等七種。其中黑尾鷗為全國唯一繁殖地；紅燕鷗已被國際列為受嚴重威脅的保育鳥類；在馬祖繁殖的鳳頭燕鷗則是世界分布的最北限。
這些燕鷗五月初自南方陸續抵達，開始求偶繁殖，九月初離開。幾乎一整個夏季都待在馬祖地區。
連江縣政府有意將保護區規劃成生態旅遊的景點，然而候鳥繁衍習性容易因人類干擾而改變，如何規劃，達到保育與遊憩的兩全，是目前連江縣面臨的挑戰。
